1. 直接法
直接法是荧光抗体技术最简单、最基本的方法。它通过标记抗体直接与相应抗原（待检抗原标本）结合，来鉴定未知抗原。
其优点为：
①由于在反应中只有两种因子参与，结果判断较简单；
②特异性强，与其他抗原交叉染色较少；
③操作步骤少，方法简便、省时。
其缺点有；
①敏感性较差；
②一种标记抗体只能鉴定一种抗原；
③不能用于鉴定未知抗体。


2. 间接法
间接法是目前最常用的方法。首先用已知未标记的抗体（第一抗体）与待检抗原反应或用未知抗体与已知抗原反应，反应一定时间后，洗去未结合的抗体，再与标记的抗免疫球蛋白抗体（二抗）反应。在第一步反应中，若抗原抗体发生了反应，则抗体被固定在标本上，那么第二步反应中标记的抗体（二抗）必然与第一步反应形成的抗原抗体复合物中的抗体发生反应，这样就可以通过二抗的示踪，对标本中未知抗原或抗体进行鉴定。
其优点为；
①敏感性较高，是直接法的5-10倍；
②用一种标记的抗体，就能与一种以上的相应的抗体或抗原配合鉴定多种未知的抗原或抗体；
③既能鉴定未知抗原，又能鉴定未知抗体。
其缺点有
①在反应中有多种因子参与，容易产生非特异性染色，结果判断有时较困难；
②操作步骤多，费时。


3. 双标记法
双标记法是用两种荧光素（常用FITC和PE）分别标记特异性不同的抗体，用于检测同一标本中的不同抗原。此法常用于细胞表面抗原和受体的研究。