蛋白质组（Proteome）的概念，蕞早由澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和Williams于1994年首先提出的，是指一个基因组（Genome），或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。
蛋白质组学（Proteomics）以细胞、组织或生物体全体蛋白质为研究对象，通过高通量的色谱质谱联用技术检测样品所有蛋白质及其变化规律，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，利用生物信息技术从整体的角度获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的变化，阐明生-理或病理条件下的变化机制。

蛋白质全谱和混合蛋白鉴定分析指的是对完整的组织、体液或其提取物混合蛋白的组分进行分析，目的在于鉴定出尽可能多的肽段和蛋白质分子。针对单一蛋白的鉴定，如考染及银染的纯化蛋白（不含戊2醛，戊2醛会与蛋白质发生不可逆交联，严重影响质谱结果），对胶点或目的条带进行鉴定。针对混合蛋白样本，可以收集其蛋白溶液及泳道等，利用高效液相色谱-质谱联用（ HPLC-MS/MS ）技术，完成对样本的定性分析。


蛋白质组学鉴定流程
（1）样本中蛋白质的提取与质控（是否能染色；条带清晰；目的条带准确）；
（2）蛋白样品酶解成肽段；
（3）肽段进入液相质谱联用仪，先在液相中预分离；再进入质谱；
（4）经过质谱质量分析器检测器得到谱图；
（5）谱图信息经过数据库比对，得到肽段和蛋白的信息；
（6）生成样品鉴定结果。